فوتبالی خود را در نوکمپ گذرانده است. او زمانی که تنها 11 سال داشت به بارسا پیوست. پیشرفت او بسیار سریع بود تا اینکه در فصل 97-98 از تیم جوانان وارد تیم دوم بارسا شد.


در تیم دوم بارسا او به مغز متفکر تیم جوردی گونزالو تبدیل شد و به همراه تیم جواز صعود به دسته دوم را کسب کرد.

رویای ژاوی یعنی شروع رسمی کار با تیم اصلی زمانی تحقق یافت که او در تابستان 1998 در سوپر جام اسپانیا برابر مایورکا بازی کرد. او در ترکیب ثابت بود و گلزنی کرد، شروعی که برای او بهتر از این نمیشد. ژاوی همچنین در قهرمانی لیگ در فصل 1998-99 با مربیگری فن گال نقش مهمی را ایفا کرد که بارزترین مورد گل بسیار مهم او در نوئوو زوریا بود که شانس های تیم را برای قهرمانی افزایش داد.


فصل 1999-2000 فصل خوبی برای ژاوی بود که به علت مصدومیت گواردیولا او برای قسمت اعظم فصل انتخاب اول بود. بعد از اینکه کاپیتان افسانه ای تیم را به مقصد فوتبال ایتالیا ترک کرد ژاوی به بازیساز تیم بدل شد و به این کار ادامه داده است تا تمام استعداد و نبوغ خود را در این پست به اثبات برساند.

در زمان مربیگری فن گال، رکساچ، آنتیچ و رایکارد ژاوی همواره یک مهره کلیدی بوده است. این حقیقت زمانی اثبات میشود که بدانیم او در طول این مدت و در حالیکه هنوز فقط 25 سال سن دارد، 300 بازی رسمی انجام داده است.

در زمان مربیگری رایکارد، ژاوی نشان داده است که نه تنها میتواند در قلب خط هافبک بازی کند، بلکه این توانایی را دارد که در هر پستی در وسط زمین به بازی گرفته شود. این توانایی را از آنجا میتوان فهمید که او در قهرمانی لیگ در فصل 2004-05 بازیکنی بود که با انجام 36 بازی بیشترین بازی ها را انجام داد.

ژاوی هرگز 2 دسامبر 2005 را فراموش نخواهد کرد. در حین تمرین در لامسیا، لگامنت پای چپ او پاره شد. دوره درمانی او سریعتر از انتظار طی شد و پس از 5 ماه توانست بازی کند. در 29 آوریل 2006 و در بازی مقابل کادیز، ژاوی مجددا "احساس یک فوتبالیست" را داشت. او به موقع برگشت تا قهرمانی های لیگ و لیگ قهرمانان را در کنار هم تیمی هایش جشن بگیرد.

در دو فصل پایانی حضور فرانک رایکارد بر روی نیمکت بارسا، ژاوی یکی از بازیکنانی بود که بیش از بقیه مورد استفاده این هلندی قرار گرفته بود. علاوه بر این در فصل 2007/08 او رکورد شخصی خود را به 7 گل ارتقا بخشید. رکورد قبلی او، 4 گل در فصلهای 2001/02 و 2003/04 بود.

بعلاوه، ژاوی هرناندر همچنین بازیکن فیکس تیم ملی اسپانیا بوده است. او در جامهای جهانی 2002 و 2006 و جام ملتهای اروپای 2004 و 2008 حضور داشته است و در یورو 2008، پس از قهرمانی اسپانیا، به عنوان بهترین بازیکن تورنمنت انتخاب شد.